Conflictos con la iglesia

Durante el Guzmancismo, el conflicto entre la iglesia y el poder civil se incremento, ya que Guzmán Blanco trato de separar las atribuciones del estados y las de la iglesia tomando algunas medidas. Entre ellas podemos mencionar:
1. Creación del registro civil y del matrimonio civil, a través de los cuales se prohibió la realización de bautizos, matrimonios y actas de defunciones que no fueran registrados previamente por las autoridades civiles.

2. Suspensión de las primicias o pagos que los fieles daban a la iglesia por las ceremonias religiosas e incautación de los cementerios.
3. Suspensión de los conventos de monjas.
4. Expropiación de templos y extinción de los seminarios.
5. Elimino la religión del pensum de estudios.

Estas medidas provocaron un enfrentamiento entre el Estado y la Iglesia, ya que las mismas fueron rechazadas por las autoridades eclesiásticas, como el Arzobispo de Caracas, Silvestre Guevara y Lira y el Obispo de Mérida, Juan Hilario Bosset. Desde entonces, las iglesias y el clero lanzaron una campaña contra el Gobierno, y en muchos lugares los sacerdotes se pusieron a favor de las tropas azules.
Al no lograr una solución al problema, Guzmán Blanco amenazó al Papa Pío IX con crear una "Iglesia Nacional" en Venezuela separada de Roma y la cual tendría como autoridad religiosa suprema el Jefe de Estado. Esto obligó al Papa a negociar con el gobierno. Así nombró al Arzobispo José Antonio Ponte y puso fin al conflicto con esta designación.